Professor Catedrático em Ciência Política, Diretor do Doutoramento em Ciência Política, 2015-presente data, e Diretor da Licenciatura em Ciência Política, 2009-2015, ISCTE-IUL (Instituto Universitário de Lisboa). Investigador Sénior do CIES-IUL, é ainda Diretor do Observatório da Democracia e da Representação Política do CIES-IUL. Tem lecionado e/ou apresentado conferências como convidado ainda em várias outras universidades portuguesas (FD-UL, FD-UC, FE-UC, ICS-UL) e estrangeiras (IEP-UB-FR, ULB-BEL, IEP-EU, UMD-USA, UAM-ESP, ICJS-CV, UM - IT).

Freire tem dirigido vários projetos de pesquisa sobre ideologia (esquerda-direita, etc.), ao nível de elites e massas, comportamento eleitoral e atitudes políticas, sobre instituições e reformas políticas, e ainda sobre representação política.

Sobre estes assuntos tem publicado abundantemente, nacional e internacional, em livros e revistas académicas. Foi colunista regular do jornal Público, desde março de 2006 até janeiro de 2016, e do Jornal de Letras, de maio de 2017 a abril de 2022, além de várias outras colaborações ocasionais na imprensa, rádio e TV, e tem sido ainda perito e consultor convidado de várias instituições nacionais (FCT, A3ES, DGAI-MAI, AR, etc.) e internacionais (COST, Comissão Europeia, Conselho da Europa – Programa Co-Acte, etc.) para os assuntos ligados ao ensino superior e à investigação em Ciências Políticas.