Joaquim Fernandes está biografado no Dicionário de Personalidades Portuenses do Século XX (Porto Editora). Cofundador do Centro Transdisciplinar de Estudos da Consciência, (CTEC), da Universidade Fernando Pessoa, doutorou-se em História com a primeira tese sobre a temática extraterrestre em Portugal. Interessa-se particularmente pela antropologia religiosa comparada, com destaque para os fenómenos da religiosidade popular e da espiritualidade, mitos e cosmologias e o debate entre ciência e religião.
É membro de várias organizações internacionais e coordenador internacional do MARIAN Project, que estuda as dimensões culturais e científicas dos fenómenos religiosos e aparicionais, como Fátima, tema a que dedicou várias obras, em coautoria com Fina d’Armada, igualmente traduzidas para inglês, castelhano e francês.
Na televisão, é um dos coautores do guião do telefilme A Noite do Fim do Mundo, que retrata as reações em Portugal à aproximação do cometa Halley em 1910. Para a RTP2, coordenou a série temática Encontros Imediatos, dedicada ao fenómeno óvni em Portugal. Foi autor do guião e da apresentação do documentário As Faces de Fátima, produzido para o Canal História em 2017, e, no Porto Canal, coordenou a série Conversas do Centenário dedicada aos eventos aparicionais de Fátima.
Com uma vasta obra publicada, entre os seus títulos mais recentes contam-se História Prodigiosa de Portugal. Mitos & Maravilhas (2015), Portugal Insólito (2016) e, no domínio da ficção, os romances históricos O Cavaleiro da Ilha do Corvo (2008) e As Curandeiras Chinesas. Um motim que abalou a I República (2014).